殺菌劑可以采取連續投加或間歇沖擊式投加法。要檢測整個注水系統不同地點的細菌含量，根據細菌的數量采取不同的方法。一般在細菌含量高的地點采用連續投加法處理，而在細菌含量不高的地點采用間歇沖擊投加法。
如果連續加入，通常要求開始濃度要高，盡快殺死大多數細菌，待細菌數量被控制后，在采用較低的投加濃度即可有效的控制細菌的繁殖；若采用間歇投加法，應定期用泵是高濃度的殺菌劑藥液緩慢通過系統，爭取把細菌全部殺死。
聯合和交替使用殺菌劑：聯合和交替使用殺菌劑時控制油田注水系統中細菌危害極為有效的措施。聯合使用殺菌劑是將良種或兩種以上的殺菌劑按照一定的配方配成復配型殺菌劑；交替使用殺菌劑是指兩種或兩種以上的殺菌劑先后交替使用。
聯合或交替使用殺菌劑具備許多優點：1.復配劑具有廣譜殺菌能力，2.復配劑可以一劑多用，3.避免產生抗藥性 ，4.減少殺菌處理費用，5.增加殺菌劑原液的穩定性，6.滿足環境保護要求。
簡而言之，選好合適的殺菌劑的同時，還必須正確的使用殺菌劑，才能達到真正有效合理的控制油田注水微生物的危害。
